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Eine Probe zur Bonitur der Schwarzbeinigkeit sollte generell 25 einzelne Pflanzen umfassen. Die Fläche, die durch eine Probe sinnvoll repräsentiert werden kann, ist dadurch natürlich begrenzt und es kann notwendig werden, von einem Schlag mehrere Proben zu nehmen. Im Feldversuchswesen wird in der Regel je Kleinparzelle (12-15 m2) eine Probe genommen.
Prinzipiell ist eine Probenahme zu jeder Zeit möglich. Einer der günstigsten Zeitpunkte zur Beurteilung der Befallsstärke liegt im Zeitraum zwischen Vollblüte (BBCH 65) und Milchreife (BBCH 75), da die Wurzelsymptome in dieser Zeit gut ausgeprägt sind und die Bonitur noch nicht durch natürliche Absterbeprozesse erschwert wird.
Die Entnahme der Pflanzen sollte auf mehrere Stellen verteilt werden, z.B. 5 Pflanzen an jeweils 5 Stellen, wobei diese Stellen nicht weiter als 30 m voneinander entfernt sein sollten. Die Pflanzen sollten mit einem Spaten mindestens 15 cm tief ausgegraben werden. Anhaftende Erde sollte vorsichtig abgeschüttelt werden, wobei der Verlust an Wurzeln so gering wie möglich bleiben muss. Zwecks leichterer Handhabung können die Halme etwa 20 cm oberhalb des Bestockungsknotens abgeschnitten werden. Nachdem die restliche Erde sorgfältig mit Wasser abgewaschen wurde, sind die Pflanzen für die Bonitur bereit. Sollte der Boden sehr trocken oder tonig sein, dann kann es nötig werden, die Wurzelballen für einige Zeit einzuweichen.

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